Родился 12 июня 1892 года в Мюнхене. Уже во время Первой мировой войны он получил высокие награды Германии. Во время Второй мировой войны проявил себя во время польской кампании в 1939 году, также принял участие во вторжении в Грецию. Во время неудачного похода на Мурманск 1942 года Шернер стал автором печально известного заявления о том, что погодные условия не могут остановить немецкое наступление, что оказалось слишком оптимистичным. После отступательных боев на Восточном фронте в качестве командира группы армий «Центр» был назначен ответственным за защиту чешских земель. В ходе боевых действий в районе Остравы приказал казнить несколько немецких офицеров за высказывание «пораженческих» мнений. Из-за строгости подчиненные его прозвали Кровавым Фердинандом.
В 1952 году советские власти приговорили Шернера к 25 годам лишения свободы. Два года спустя он был перевезен в Восточную Германию, а оттуда в 1958 году – в Федеративную Республику Германию. Умер 2 июля 1973 года.